Balıkların, bitkilerin ve mikroorganizmaların simbiyotik bir dengede beraber yaşadıkları bir sistemdir. Mikroorganizmalar balıkların dışkısını bitkilerin özümseyebileceği gübreye dönüştürürken, bitkiler de suyu filtreleyip balıklar için temizler. Hem balık hem de farklı bitkiler yetiştirme imkanı sundukları için akuaponik bahçeler gıda üretiminde çok verimlidir.